Fryma e Re Demokratike, në përputhje me premtimin për të mbetur një alternativë politike e besueshme dhe afatgjatë, e lidhur ngushtë me problematikën qytetare, ka bërë funksionale ngritjen e departamenteve pranë Komisionit Nismëtar. Këto departamente do të jenë bërthama për hartimin e programit politik, ndjekjen e problematikës së sektorëve përkatës, dhënien e propozimeve për zgjidhjen e këtyre problematikave si dhe përgatitja për mirëqeverisjen e ardhshme, me qëllim prezantimin përpara shqiptarëve të një programi të plotë, dinjitoz dhe në mbrojtje të interesave të tyre.
Ngritja dhe jetësimi i kësaj strukture e bën debatin politik dhe vendimmarrjen në FRD shumë më demokratike dhe përfaqësuese, si dhe krijon hapësirë të dukshme kontributi për ekspertë të fushave përkatëse dhe personalitete me angazhime akademike e universitare për të punuar së bashku për realizimin e alternativës më të mirë për zgjidhje të problemeve që janë prezent sot në Shqipëri. Puna e departamenteve do të jetë publike edhe përmes komunikimit periodik të tyre me publikun në lidhje me problematikat programore të FRD dhe çështjet e debatit ditor.
Në dallim nga modelet aktuale të partive të tjera shqiptare pranë FRD-së do të ketë departamente të veçanta për katër nga grupet kryesore sociale të papërfaqësuara, siç janë: ish të përndjekurit, pronarët, emigracioni shqiptar dhe biznesi vendas. Departamentet e tjera mbulojnë të gjithë fushat, në përputhje me strukturën politike, legjislative dhe ekzekutive të qeverisjes. Prioritet për FRD-në mbeten çështjet e kushtetuetshmërisë, zbatimit të ligjit, reformat institucionale dhe reformat e tjera të munguara në fushën e arsimit, shëndetësisë, ekonomisë, bujqësisë, decentralizimit, etj.
Struktura e departamenteve e ngritur nga Fryma e Re Demokratike është si më poshtë:
Departamenti i Çështjeve Kushtetuese, Ligjore dhe i Politikave të Institucioneve të Pavarura
Departamenti Elektoral
Departamenti i Politikave të Administratës Publike dhe Menaxhimit të Burimeve Njerëzore
Departamenti i Marrëdhënieve me Jashtë dhe Integrimit në BE
Departamenti i ish të Përndjekurve Politikë
Departamenti i Çështjeve të Pronësisë
Departamenti i Arsimit dhe Shkencës
Departamenti i Shëndetësisë
Departamenti i Çështjeve Sociale dhe Shoqërisë Civile
Departamenti i Mardhënieve me Publikun dhe Median
Departamenti i Diasporës dhe Emigracionit
Departamenti i Infrastrukturës, Rregullimit të Territorit dhe Transporteve
Departamenti i Bujqësisë dhe Ushqimit
Departamenti i Turizmit dhe Mjedisit
Departamenti i Politikave të Kulturës, Rinisë dhe Sporteve
Departamenti i Politikave të Qeverisjes Vendore dhe Decentralizimit
Departamenti i Politikave Ekonomike, Burimeve Natyrore dhe Pasurive Kombëtare
Departamenti i Politikave Financiare dhe Rregullimit të Tregjeve
Departamenti i Marrëdhënieve me Biznesin
Departamenti i Çështjeve të Sigurisë Kombëtare
